答案：
（1）见解析（2）项目一的风险更小，该企业应投资项目一.
【解析】
（1）根据题意维修费用满足二项分布，得出数学期望；
（2）分别计算投资两项目的利润期望和方差，根据期望和方差大小得出结论．
解：（1）依题意，100万元可购买甲种机器台，
一台甲种机器一年内需要维修一次的频率为.
记这50台机器一年内需要维修的次数为，则，
所以，次，
所以，一年内该企业维修费用的数学期望为元，
即一年内该企业维修费用的数学期望为10万元.
（2）若该企业投入项目二，则可购买乙种机器100台，
记1台乙种机器需要的维修费用为元，则的可能取值为0，1000，2000，
且，，.
所以，随机变量的分布列为
0
1000
2000
0.1
0.8
0.1
所以，元，
所以，一年内这100台乙种机器维修费用的数学期望为元，
即一年内这100台乙种机器维修费用的数学期望为10万元.
所以，若该企业投资项目二，则企业的生产专用资金为万元.
由（1）知，若该企业投资项目一，则一年内该企业维修费用的数学期望为10万元，
所以，企业的生产专用资金为万元.
若该企业投资项目一，记一年的收益为万元，
则随机变量的分布列为
300
所以万元；
若该企业投资项目二，记一年的收益为万元，
则随机变量的分布列为
400
所以万元.
又因为，
，
所以，，
所以，项目一的风险更小，该企业应投资项目一.