答案：
D
【解析】
在研究生物的进化的过程中，化石是重要的证据，越古老的地层中，形成化石的生物越简单、低等、水生生物较多。越晚近的地层中，形成化石的生物越复杂、高等、陆生生物较多，因此证明生物进化的总体趋势是从简单到复杂，从低等到高等，从水生到陆生。生物进化的主要原因是自然选择，适者生存、不适者被淘汰。据此作答。
A．化石是由古代生物的遗体、遗物或生活痕迹等，由于某种原因被埋藏在地层中，经过漫长的年代和复杂的变化而形成的。在研究生物进化的过程中，化石是最直接的、比较全面的证据，故A正确。
B．研究生物进化的主要方法是比较法，通过比较地层中生物化石的结构特点，研究生物进化的规律，故B正确。
C．生物进化的主要原因是自然选择，适者生存、不适者被淘汰，故C正确。
D．生物进化的总体趋势是从简单到复杂，从低等到高等，从水生到陆生，与体型无关，故D错误。
故选D。