答案：
D
【解析】
动物在自然界中的作用，动物在维持生态平衡中起着重要的作用；帮助植物传粉、传播种子；促进生态系统的物质循环。
A．将生态系统中的害虫彻底清除，会影响生物多样性，故A错误。
B．植树造林不只是为了获取大量的木材，树木可以起到其他作用，如调节气候，保持水土流失等，故B错误。
C．生态系统的自动调节能力是有限度的，超过一定的限度，生态平衡会受到破坏，难以恢复，故C错误。
D．自然界中的动物和植物在长期生存与发展的过程中，形成相互适应、相互依存的关系。如蜜蜂吸取花蜜、采集花粉，同时还有利于植物的繁殖，故D正确。
故选D。