答案：
D
【解析】
此题考查生态系统的组成及各部分的作用，动物在自然界中的作用。自然界中的动物和植物在长期生存与发展的过程中，形成相互适应、相互依存的关系。
A.将生态系统中的害虫彻底清除，会影响生物多样性，A错误。
B.细菌、真菌分解动植物的遗体来维持生活，属于分解者，把有机物转化成二氧化碳和无机盐，被植物加以利用，促进物质循环。植物能进行光合作用，把二氧化碳和水转化成有机物，作为生产者参与物质循环。动物直接或间接的以植物为食，为消费者，也可促进物质循环，B错误。
C.生态系统的自动调节能力是有限度的，C错误。
D.自然界中的动物和植物在长期生存与发展的过程中，形成相互适应、相互依存的关系，动物能够帮助植物传粉，使这些植物顺利地繁殖后代，如蜜蜂采蜜，D正确。
故选D。