答案：
（1）（2）见解析
【解析】
（1）由题可知值，由右焦点到直线的距离为3表示，和 构建方程组，求得，即可求得椭圆E的标准方程；
（2）设直线的方程为，联立直线方程与椭圆方程，即可表示点M的坐标，由，垂直，则将M坐标中的k换成，即可表示N点坐标，再利用两点坐标分别表示与，观察即可证明.
（1）由题意知，，，，
解得，，．
所以椭圆的标准方程为．
（2）显然直线，的斜率存在．
设直线的方程为，
联立方程组，得，
解得，，
所以，．
由，垂直，可得直线的方程为．
用替换前式中的k，可得，．
则，
，
所以，故直线MN恒过定点．