答案：
B
【解析】
生物多样性的内涵包括基因的多样性、生物种类的多样性和生态系统的多样性。生物多样性的价值有直接价值，间接价值，潜在价值。生物多样性的保护措施有就地保护、易地保护和加强法制宣传教育。威胁生物多样性的原因有：栖息地的丧失、人类的滥捕乱杀和外来物种的入侵等。
A.建立自然保护区是指把包含保护对象在内的一定面积的陆地或水体划分出来，进行保护和管理，又叫就地保护，就地保护能保护生物及生物所生活的栖息环境，是保护生物多样性的根本途径，是最有效的措施，故A正确。
B.直接使用价值，指对人类的社会生活有直接影响和作用的价值，如药用价值、观赏价值、食用价值和生产使用价值（野外收获进入贸易市场）等。间接使用价值，一般表现为涵养水源、净化水质、巩固堤岸、防止土壤侵蚀、降低洪峰、改善地方气候、吸收污染物、调节碳氧平衡、在调节全球气候变化中的作用等，主要指维持生态系统的平衡的作用等等，生物多样性的间接使用价值远远大于直接使用价值，故B错误。
C.威胁生物多样性的原因有：栖息地的丧失、人类的滥捕乱杀和外来物种的入侵等，其中栖息地的破坏和丧失是威胁生物多样性的主要原因，故C正确。
D.强调保护生物多样性，并不意味着禁止开发和利用，而是适度科学开发利用，更好地保护生物的多样性，故D正确。
故选B。