答案：
B
【解析】
随着认识的不断深入和各种不同的证据的发现，人们对生命起源的问题有了更深入的研究，其中化学起源说是被广大学者普遍接受的生命起源假说。
A．原始大气含有水蒸气、氢气、氨、甲烷等气体，没有氧气，A错误。
B．化石是由古代生物的遗体、遗物或生活痕迹等，由于某种原因被埋藏在地层中，经过漫长的年代和复杂的变化而形成的。化石是研究生物进化最直接的证据，B正确。
C．生物进化的历程是结构由简单到复杂，由水生到陆生，由低等到高等，C错误。
D．生物通过遗传、变异和自然选择，不断进化，D错误。
故选B。