答案：
D
【解析】
生物的分类单位从大到小依次以界、门、纲、目、科、属、种，界是最大的单位，种是最基本的单位。生物所属的等级越大，生物之间的亲缘关系越远，共同点越少，生物所属的等级越小，生物的亲缘关系越近，共同点越多。
A．由分类索引可知，菜豆和紫檀同科，菜豆与合欢同目，科比目小，因此菜豆和紫檀的亲缘关系比菜豆与合欢更近，正确。
B．属、科、目中属最小，因此绿豆和菜豆同属，亲缘关系最近，正确。
C．分类单位越低，生物的相似程度越多，共同特征就越多，包含的生物种类就越少，生物的亲缘关系就越近，正确。
D．合欢与紫檀同目，绿豆与紫檀同科，合欢与紫檀的共同点比绿豆与紫檀的共同点少，错误。
故选D。